Skutkiem rozliczania podatku należnego od dokonywanych w danym okresie czynności podlegających opodatkowaniu i podatku naliczonego od nabytych w tym okresie towarów i usług, może być:
- nadwyżka podatku należnego nad naliczonym - i kwota ta podlega wpłacie do urzędu skarbowego w terminie, w którym należy złożyć deklarację za dany okres, bądź też
- nadwyżka podatku naliczonego nad należnym - i kwota ta podlega rozliczeniu w następnym okresie rozliczeniowym, albo zwrotowi na rachunek bankowy podatnika lub też na rachunek VAT.
Obecne terminy zwrotu nadwyżki VAT na rachunek bankowy/rachunek w SKOK:
- 15 dni - przyspieszony zwrot przysługuje podatnikom tzw. bezgotówkowym, tj. otrzymującym płatności z wykorzystaniem instrumentów płatniczych, w tym przy użyciu polecenia przelewu - w przypadku spełnienia warunków określonych w art. 87 ust. 6e,
- 25 dni - zwrot na rachunek VAT - brak konieczności spełnienia dodatkowych warunków (art. 87 ust. 6a); - zwrot na rachunek bankowy lub SKOK - w przypadku spełnienia warunków określonych w art. 87 ust. 6,
- 40 dni - zwrot przysługuje podatnikom wystawiającym faktury ustrukturyzowane - w przypadku spełnienia warunków określonych w art. 87 ust. 5b,
- 60 dni - podstawowy termin zwrotu na rachunek bankowy lub SKOK - brak konieczności spełnienia dodatkowych warunków (art. 87 ust. 2) - zwrot w przypadku, gdy podatnik nie wykonał w danym okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych podatkiem VAT, ale złożył pisemny wniosek w tej sprawie oraz złożył zabezpieczenie majątkowe (art. 87 ust. 5a),
- 180 dni - zwrot w przypadku, gdy podatnik nie wykonał w danym okresie rozliczeniowym czynności opodatkowanych podatkiem VAT (art. 87 ust. 5a).
Inne sposoby rozliczania nadwyżki VAT naliczonego nad należnym:
- zaliczenie kwoty zwrotu VAT na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych,
- przeniesienie nadwyżki podatku naliczonego na następne okresy rozliczeniowe,
- zwrot jako zabezpieczenie udzielonego przez bank lub SKOK kredytu.
Zgodnie z art. 87 ust. 1 ustawy o VAT, podatnik, u którego w danym okresie rozliczeniowym wystąpiła nadwyżka podatku naliczonego nad należnym sam decyduje o tym, czy kwotę tej nadwyżki wykaże jako kwotę do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy (miesiąc bądź kwartał), czy też zażąda jej zwrotu z urzędu skarbowego na wskazany rachunek bankowy.
