Zgodnie z wyrokiem NSA z 10 stycznia 2023 r., sygn. akt I FSK 1615/18 podstawowym warunkiem przesądzającym o uznaniu niedoboru towarów za ubytek naturalny jest udowodnienie, że niedobór powstał bez winy i zaniedbań podatnika, czyli na skutek naturalnych procesów bądź nieprzewidzianych zdarzeń losowych, co nie miało miejsca w niniejszej sprawie.
Podatnik nie przedstawił bowiem żadnej dokumentacji, w której odnotowywałby straty ilościowe nawozów powstające w związku z ich magazynowaniem czy transportowaniem. Tezie podatnika o powstałych ubytkach w związku z rozsypaniem nawozów przeczyły ustalenia, zgodnie z którymi dokonywany przez niego zakup, transport, przechowywanie i sprzedaż nawozów sypkich odbywał się w plombowanych workach. Natomiast fakt niewystępowania ubytków naturalnych w przypadku nawozów sypkich potwierdziły informacje pochodzące od innych podmiotów zajmujących się handlem nawozami sztucznymi. W związku z tym NSA uznał, że w niniejszej sprawie brak było podstaw do przyjęcia wystąpienia ubytków naturalnych wyłącznie na podstawie twierdzeń podatnika i założenia, że w prowadzonej przez niego działalności miały one faktycznie miejsce. W konsekwencji powyższego organy podatkowe były uprawnione do oszacowania niezaewidencjonowanego obrotu z zastosowaniem indywidualnej metody szacowania. Odnosząc się do prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu zakupu nawozów, które na skutek nieodpowiednich warunków przechowywania uległy zniszczeniu (przemoknięciu), NSA przychylił się do stanowiska organu podatkowego, że były to straty zawinione. Zdaniem sądu, za wystarczające w tym zakresie nie mogą być uznane same twierdzenia podatnika odnośnie tej kwestii (że zniszczenie nawozów spowodowane było działaniem siły wyższej - niespodziewaną burzą, powodującą zalanie magazynu) oraz protokół strat. NSA uznał, że sam dowód w postaci protokołu strat nie może zostać uznany za wystarczający do przyjęcia, iż szkoda była następstwem zdarzeń, za które podatnik nie ponosi winy. Braku tego nie mogły zastąpić wyjaśnienia podatnika w toku postępowania ani nawet złożone przez niego zeznania.
NSA podkreślił, że w protokole strat podatnik nie podał okoliczności, które doprowadziły do powstania strat ani nie wskazał dat, kiedy zdarzenia, na które się powoływał, miały miejsce. W związku z tym organy podatkowe zasadnie nie dały wiary ogólnikowym informacjom zawartym w tym protokole zwłaszcza w sytuacji, gdy podatnik nie przedstawił żadnych innych dowodów na podnoszone przez niego okoliczności. W konsekwencji powyższego NSA uznał, że w sytuacji, gdy z przyczyn od podatnika zależnych (m.in. w przypadku niedoborów zawinionych) nie dochodzi do wykorzystania nabytych towarów do działalności opodatkowanej, prawo podatnika do odliczenia VAT zostaje utracone. W takiej sytuacji odliczona kwota podatku z tytułu nabycia towarów (materiałów), które ostatecznie nie zostały wykorzystane do działalności opodatkowanej, powinna być skorygowana (na podstawie art. 91 ust. 7d ustawy o VAT).
