Zasadniczo cały proces rozliczenia subwencji odbywa się w bankowości elektronicznej banku, za pośrednictwem którego przedsiębiorca zawarł umowę subwencji finansowej. Może go przeprowadzić (jednoosobowo) osoba, która posiada dostęp do bankowości elektronicznej przedsiębiorcy w tym banku. Może to być sam beneficjent albo osoba działająca w jego imieniu (osoba działająca w imieniu beneficjenta reprezentuje go na podstawie pełnomocnictwa).
W wyjaśnieniu z dnia 13 kwietnia 2021 r. Polskiego Funduszu Rozwoju dotyczącego rozliczenia oraz umorzenia subwencji z tarczy finansowej 1.0 dla małych i średnich firm umieszczono poszczególne etapy postępowania przy rozliczaniu subwencji z PFR:
- otrzymanie propozycji PFR (procedura rozliczenia subwencji jest inicjowana przez bank, za pośrednictwem którego podmiot zawarł umowę subwencji finansowej; przed upływem 12 miesięcy od wypłacenia subwencji finansowej, bank przedstawia propozycję PFR w zakresie wysokości subwencji finansowej podlegającej zwrotowi; jest to wstępnie uzupełniony formularz oświadczenia o rozliczeniu),
- sprawdzenie treści oświadczenia o rozliczeniu subwencji finansowej,
- uzupełnienie brakujących danych (większość danych potrzebnych do wyliczenia wysokości umorzenia subwencji finansowej PFR podatnik otrzyma m.in. z ZUS, KAS czy innych rejestrów publicznych, jednak niektóre dane podatnik musi uzupełnić sam)
- podpisanie oświadczenia
- weryfikacja oświadczenia przez PFR
- podjęcie decyzji przez PFR, tj.:
- decyzji określającej kwotę subwencji finansowej podlegającej zwrotowi - jeśli podmiot nie jest przedsiębiorcą uprawnionym do 100% umorzenia subwencji finansowej (dotyczy to przedsiębiorców prowadzących działalność gospodarczą w wymienionych w regulaminie kodach PKD), to maksymalne umorzenie wynosi 75% otrzymanej subwencji,
- decyzji określającej kwotę subwencji finansowej podlegającej zwrotowi w całości (dotyczy to przedsiębiorców, którzy naruszyli warunki programowe, co powoduje obowiązek zwrot całej otrzymanej subwencji finansowej).
Za pośrednictwem banku w postępowaniu wyjaśniającym można zwrócić się do PFR z zapytaniem dotyczącym wysokości subwencji podlegającej zwrotowi - wskazanej w decyzji PFR.