Wydatki związane z zakupem uprawnień do emisji CO2 podlegają zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów zgodnie z ogólnymi zasadami podatku dochodowego CIT (art. 15 ust. 4-4e updop).
Kiedy uprawnienia te są nabywane celem ich dalszej odsprzedaży należy mieć na uwadze, że koszty bezpośrednio związane z przychodami (nabycia uprawnień) są - co do zasady - potrącalne w roku podatkowym, w którym osiągnięte zostały odpowiadające im przychody, czyli w roku sprzedaży takich uprawnień. Również w przypadku gdy uprawnienia takie są nabywane przez podatnika celem pokrycia własnej emisji gazów cieplarnianych przeważa pogląd, że takie wydatki stanowią koszt bezpośredni.
Interpretacja indywidualna Dyrektora KIS z 3 września 2021 r., nr 0111-KDWB.4010.9.2021.1.MJ. "Należy zgodzić się z Wnioskodawcą, że wydatki na nabycie uprawnień do emisji CO2 wykazują bezpośredni związek z przychodami uzyskiwanymi z działalności prowadzonej przez podmiot, który takie gazy emituje. Posiadanie przez podmiot niezbędnej ilości uprawnień do emisji gazów, stanowi w istocie warunek konieczny dla prowadzenia takiego rodzaju działalności gospodarczej. Wnioskodawca bez posiadania odpowiedniej ilości uprawnień musiałby zredukować wielkość prowadzonej działalności, co niewątpliwie przełożyłoby się na wielkość osiąganych przychodów. (...) Wobec tego, wydatki te stanowią bezpośrednie koszty uzyskania przychodów w rozumieniu art. 15 ust. 4 updop".
W interpretacji tej organ podatkowy odniósł się również do kwestii kwalifikowania tych wydatków do konkretnego roku podatkowego. W przypadku uprawnień do emisji CO2, wykorzystywanych na własne potrzeby Wnioskodawcy, momentem, w którym dochodzi do poniesienia kosztu uzyskania przychodu, jest moment, w którym ostatecznie (definitywnie) dojdzie do rozliczenia nabytych uprawnień. Moment ten nastąpi wówczas gdy uprawnienia do emisji CO zostaną umorzone w przez Spółkę. Będzie to zatem moment kiedy zostaną wykorzystane (rozwiązane) rezerwy. Zgodnie z ww. interpretacją „Jeśli zatem do umorzenia przez Spółkę opisanych we wniosku uprawnień do emisji (rozwiązania utworzonych przez Spółkę rezerw) dojdzie w roku, za który umarzane są uprawnienia do emisji CO2, jak również w następnym roku do dnia sporządzenia sprawozdania finansowego (nie później, niż do upływu terminu do złożenia zeznania rocznego), to koszty winny zostać potrącone w roku, za który doszło do umorzenia. Jeśli natomiast do umorzenia opisanych uprawnień do emisji (rozwiązania utworzonych rezerw) dojdzie po końcu roku, za który są umarzane i po dniu sporządzenia sprawozdania finansowego za rok za jaki następuje umorzenie (w sytuacji, gdy sprawozdanie sporządzane jest przed upływem terminu do złożenia zeznania rocznego), to przedmiotowe koszty powinny zostać potrącone w roku, w którym rozwiązano rezerwy".