Prawa do emisji ujmuje się w księgach rachunkowych jednostki pod datą ich nabycia (przyznania, tj. w dniu ich wydania – rejestracji na rachunku prowadzącego instalację) w cenie nabycia oraz wykazuje w sprawozdaniu finansowym (bilansie) w oddzielnej pozycji w grupie wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na ich przeznaczenie (wykorzystanie na potrzeby własne lub inne rozporządzenie). Dla każdej instalacji prowadzi się odrębną ewidencję ilościowo-wartościową przyznanych i nabytych praw do emisji. Cenę nabycia praw do emisji wylicza się zgodnie z przepisami art. 28 ust. 2 ustawy o rachunkowości tj. w przypadku przyznanych praw do emisji - cenę nabycia stanowi iloczyn jednostkowej ceny sprzedaży przyznanego prawa do emisji z dnia ich przyznania oraz liczby przyznanych praw.
Przyznane prawa do emisji ujmuje się – zgodnie z przepisami art. 41 ust. 2 w powiązaniu z ust. 1 pkt 2 ustawy o rachunkowości – jako rozliczenia międzyokresowe przychodów, które równolegle do odpisów amortyzacyjnych dokonywanych od tych praw zwiększają stopniowo pozostałe przychody operacyjne. Rozliczenie przychodów następuje z chwilą wykorzystania, zwrotu lub innego rozporządzenia nimi. W razie ich umorzenia z powodu ich zbycia, związane z nimi rozliczenia międzyokresowe przychodów ujmuje się na zwiększenie wyniku na zbyciu (zysk lub stratę w pozycji pozostałych przychodów/kosztów operacyjnych - zysk/stratę na zbyciu, w tym sprzedaży praw do emisji ustala się jako różnicę między ceną ich sprzedaży netto a ich wartością ewidencyjną (bilansową) na dzień zbycia). W razie umorzenia z powodu zwrotu przyznanych praw, związane z nimi rozliczenia międzyokresowe przychodów ujmuje się jako rozliczenie wartości tych praw z rozliczeniem międzyokresowych przychodów.
Prawa do emisji, które jednostka zamierza sprzedać, ujmuje się w księgach rachunkowych i wykazuje w sprawozdaniu finansowym (bilansie) łącznie z prawami do emisji przeznaczonymi do wykorzystania na własne potrzeby. W informacji dodatkowej sprawozdania finansowego przedstawia się informacje o posiadanych prawach do emisji w podziale na prawa do emisji wykorzystywane na własne potrzeby oraz prawa do emisji przeznaczone do sprzedaży (z wyodrębnieniem uprawnień do emisji, jednostek poświadczonej redukcji emisji i jednostek redukcji emisji). Opłaty za przydzielone uprawnienia do emisji i inne opłaty związane z uczestniczeniem jednostki w systemie obrotu prawami do emisji, zwiększają odpowiednio koszty wytworzenia produktów lub koszty sprzedanych praw tego okresu, w którym opłaty zostały naliczone.
Wartość początkową posiadanych praw do emisji wykorzystanych w celu rozliczenia emisji zmniejszają odpisy amortyzacyjne. Amortyzacja praw do emisji zwiększa koszty wytworzenia produktów. Wysokość amortyzacji ustala się jako iloczyn wykorzystanych w danym okresie praw do emisji oraz jednostkowej ceny ich nabycia.
Na koniec każdego roku obrotowego na podstawie pozytywnie zweryfikowanego rocznego raportu, o którym mowa w art. 80 ust. 3 lub 86 ustawy o handlu emisjami lub na podstawie ostatecznej decyzji Wojewódzkiego Inspektora Ochrony Środowiska, ustalającej szacunkową wielkość emisji, wyłącza się z ewidencji wykorzystane i umorzone prawa do emisji. Wyłączenie z ewidencji umorzonych praw następuje drogą obciążenia umorzenia praw do emisji oraz uznania praw do emisji.
Koszty weryfikacji rocznych raportów, o których mowa w art. przepisach art. 80 ust. 3 lub art. 81 ust. 1 i 3 ustawy o handlu emisjami, zalicza się do kosztów ogólnego zarządu roku obrotowego, za który nastąpiła roczna weryfikacja raportu. Jeżeli koszty weryfikacji raportu poniesiono po zamknięciu ksiąg rachunkowych, to ustalając wynik finansowy roku obrotowego, którego raport dotyczy, ujmuje się je jako bierne rozliczenie międzyokresowe kosztów. W przypadku niemożności wiarygodnego oszacowania wysokości kosztów badania raportu, rzeczywiście poniesione na ten cel koszty obciążają koszty tego okresu sprawozdawczego, w którym je poniesiono.
W razie, gdy liczba niewykorzystanych praw do emisji jest mniejsza od przewidywanej do wykorzystania liczby praw do emisji w danym roku obrotowym kwotę równą wartości brakujących praw do emisji odnosi się w ciężar kosztów wytworzenia produktów, jednocześnie ujmując ją jako bierne rozliczenie międzyokresowe kosztów. Kwotę biernych rozliczeń międzyokresowych kosztów ustala się jako iloczyn liczby brakujących do rozliczenia praw do emisji i jednostkowej ceny rynkowej (sprzedaży) praw do emisji, ustalonej na podstawie notowań rynkowych z dnia bilansowego, z uwzględnieniem zawartych kontraktów terminowych na nabycie/zbycie praw do emisji.
Sposób ustalenia kwoty biernych rozliczeń międzyokresowych wymaga opisania w dokumencie stanowiącym podstawę ujęcia tych rozliczeń w księgach, a także w informacji dodatkowej sprawozdania finansowego.